O Avaí Sub 20 está entre as 32 equipes que disputarão a edição 2016 da Copa do Brasil Sub 20. A competição vai acontecer de 28 de setembro a 30 de novembro.
As equipes estão divididas em 16 grupo de duas equipes cada. O Avaí está no grupo 16, junto com o Atlético Paranaense.
A estreia do Avaí na competição será no dia 28 de setembro, diante do Atlético Paranaense. O local e horário do jogo serão disponibilizados em breve pela Confederação Brasileira de Futebol, promotora da competição.
Eliminando o adversário, o Avaí enfrentará na segunda fase o vencedor do Grupo 15, que tem Santos e América-MG.
Cinco equipes representam Santa Catarina na Copa do Brasil Sub 20. Além do Avaí, estão participando a Chapecoense, Criciúma, Joinville e Figueirense.