O Avaí estréia na Copa do Brasil Sub 20 contra o Santos em jogo que será realizado no dia 18 de setembro, às 20h30, no estádio da Ressacada. O jogo de volta será na Vila Belmiro, no dia 24 de setembro. A competição terá sistema mata-mata e contará com a participação de 32 clubes. As disputas vão até o dia 19 de novembro.
Fazem parte do torneio os times disputaram a Série A de 2012 e os 11 primeiros colocados na Série B, além do vencedor do Torneio Seletivo 2013 da Região Norte do País.
O campeão e o vice da competição terão vaga assegurada na Copa Libertadores da América Sub 20 de 2014. A Copa do Brasil Sub 20 será composta de cinco fases, Na primeira fase, se o clube visitante ganhar de uma diferença de dois gols ou mais, não será necessário realizar o jogo de volta.
Nas duas primeiras fases, a ordem de mando de campo é definida pelo ranking de clubes. A partir da terceira etapa a definição será através de sorteio. A competição será realizada nos mesmos moldes da Copa do Brasil e as despesas são todas custeadas pela CBF.
